اثر مهم دیگر او اصول فلسفه و روش رئالیسم است. این کتاب شامل ۱۴ مقالهٔ فلسفی است، که طی دهه‌های ۲۰ و ۳۰ شمسی تألیف شده و توسط مرتضی مطهری و با رویکرد فلسفهٔ تطبیقی شرح داده شده‌است.[۱۵] این کتاب نخستین، و یکی از مهم‌ترین کتاب‌هایی است که به بررسی مباحث فلسفی، با توجه به رویکردهای حکمت فلسفی اسلامی و فلسفهٔ جدید غربی پرداخته‌است.

آثار محمدحسین طباطبایی (به استثنای تفسیر المیزان) را می‌توان به دو بخش تقسیم کرد

کتاب‌های به زبان عربی

کتاب توحید که شامل ۳ رساله‌است:

رساله در توحید

رساله در اسماءالله

رساله در افعال الله

کتاب انسان که شامل ۳ رساله‌است:

الانسان قبل الدنیا

الانسان فی الدنیا

الانسان بعد الدنیا

رساله وسائط که البته همگی این رساله‌ها در یک مجلد جمع‌آوری شده و به نام هفت رساله معروف است.

رسالة الولایه

رساله النبوة و الامامه

بدایة الحکمة

نهایة الحکمة

(این دو کتاب از متون درسی فلسفی حوزه و دانشگاه محسوب می‌شود)

کتاب‌های به زبان فارسی

شیعه در اسلام

قرآن در اسلام (به بحث دربارهٔ مباحث قرآنی از جمله نزول قرآن، آیات محکم و متشابه ناسخ و منسوخ و… پرداخته‌است)

وحی یا شعور مرموز

اسلام و انسان معاصر

حکومت در اسلام

سنن النبی (دربارهٔ سیره و خلق و خوی پیامبر اسلام در بخش‌های مختلف زندگی فردی و اجتماعی ایشان است)

اصول فلسفه و روش رئالیسم (در مورد مبانی فلسفی اسلامی و نیز نقد اصول مکتب ماتریالیسم دیالکتیک است.

علی و فلسفه الهی

خلاصه تعالیم اسلام

رساله در حکومت اسلامی

نسب‌نامه خاندان طباطبایی (اولاد امیر سراج الدین عبدالوهاب)

شرحی کوتاه بر دیگر آثار

بدایه‌الحکمه

کتابی که یک دوره تدریس فشرده فلسفه برای دوستداران علوم عقلی در قم و سپس دانشگاه‌های کشور شد.

نهایه الحکمه

این اثر برای تدریس فلسفه با توضیحی بیشتر، عمقی افزون تر و سطحی عالی تر تدوین شده‌است.

حاشیه بر کفایه

کتابی اصولی پیرامون قوانین استنباط است.

مجموعهٔ مذاکرات با پروفسور هانری کربن

او که محققی فرانسوی است پیرامون چگونگی شیعه و مباحث اعتقادی و… مذاکراتی با وی داشته که در این کتاب وجود دارد.

رساله انسان قبل از دنیا، در دنیا و بعد از دنیا

این کتاب که اکنون با نام «انسان از آغاز تا انجام» ترجمه شده‌است مباحثی مفید از عوالم سه‌گانه ماده، مثال و عقل مطرح کرده و پیرامون شبهات و دغدغه خاطر جوانان مطالبی بسیار مفید و لازم ارائه کرده‌است.

در محضر علامه طباطبائی

این کتاب توسط محمد حسین رخشاد نوشته شده‌است و شامل پرسش‌ها و پاسخ‌های زیادی در موضوعات مختلف از علامه‌است.

شیعه در اسلام

علامه این کتاب را برای معرفی عقاید شیعه به‌طور عقلانی نوشته‌است.

ولایت‌نامه

این یک رساله عرفانی از وی است که همایون همتی آن را ترجمه کرده‌است و انتشارات روایت فتح آن را منتشر کرده‌است.